Дано: Сервер, на котором есть n-ное количество расшаренных папок. На папки действуют как разрешения на доступ, так и разрешения на фаловую систему.
Задача: Перенести папки на другой сервер, при этом сетевые имена и разрешения папок оставить без изменений.
Решение:

1. Использование двух программ из Microsoft® Windows® 2000 Resource Kit и не много строчек в бат-нике
2. Использовать утилиту - Microsoft File Server Migration Toolkit 1.1. Подробно тут

Нужны две программы:

1. robocopy.exe - Robust File Copy for Windows NT. Это мощна утилита для репликации файлов, создает идентичную копию папки и\или структуры папок на одном компьютере или на сетевых компьютерах, причем есть возможность копирования и NTFS разрешений безопастности. Можно использовать даже как инструмент зеркалирования файлов. Очень подробно написано в прилагаемом в Resourse Kit файле помощи - Robocopy.doc
2. permcopy.exe - Утилита для копирования разрешений (ACL) с одной сетевой папки на другую.